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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
15/10/2020 |
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Data da última atualização: |
15/10/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUSA, I. C. de; NASCIMENTO, M.; SILVA, G. N.; NASCIMENTO, A. C. C.; CRUZ, C. D.; SILVA, F. F. e; ALMEIDA, D. P. de; PESTANA, K. N.; AZEVEDO, C. F.; ZAMBOLIM, L.; CAIXETA, E. T. |
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Afiliação: |
Ithalo Coelho de Sousa, Universidade Federal de Viçosa; Moysés Nascimento, Universidade Federal de Viçosa; Gabi Nunes Silva, Universidade Federal de Rondônia; Ana Carolina Campana Nascimento, Universidade Federal de Viçosa; Cosme Damião Cruz, Universidade Federal de Viçosa; Fabyano Fonseca e Silva, Universidade Federal de Viçosa; Dênia Pires de Almeida, Universidade Federal de Viçosa; Kátia Nogueira Pestana, Embrapa Mandioca e Fruticultura; Camila Ferreira Azevedo, Universidade Federal de Viçosa; Laércio Zambolim, Universidade Federal de Viçosa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa. |
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Título: |
Genomic prediction of leaf rust resistance to Arabica coffee using machine learning algorithms. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 78, n. 4, e20200021, 2021. |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.1590/1678-992X-2020-0021 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genomic selection (GS) emphasizes the simultaneous prediction of the genetic effects of thousands of scattered markers over the genome. Several statistical methodologies have been used in GS for the prediction of genetic merit. In general, such methodologies require certain assumptions about the data, such as the normality of the distribution of phenotypic values. To circumvent the non-normality of phenotypic values, the literature suggests the use of Bayesian Generalized Linear Regression (GBLASSO). Another alternative is the models based on machine learning, represented by methodologies such as Artificial Neural Networks (ANN), Decision Trees (DT) and related possible refinements such as Bagging, Random Forest and Boosting. This study aimed to use DT and its refinements for predicting resistance to orange rust in Arabica coffee. Additionally, DT and its refinements were used to identify the importance of markers related to the characteristic of interest. The results were compared with those from GBLASSO and ANN. Data on coffee rust resistance of 245 Arabica coffee plants genotyped for 137 markers were used. The DT refinements presented equal or inferior values of Apparent Error Rate compared to those obtained by DT, GBLASSO, and ANN. Moreover, DT refinements were able to identify important markers for the characteristic of interest. Out of 14 of the most important markers analyzed in each methodology, 9.3 markers on average were in regions of quantitative trait loci (QTLs) related to resistance to disease listed in the literature. MenosGenomic selection (GS) emphasizes the simultaneous prediction of the genetic effects of thousands of scattered markers over the genome. Several statistical methodologies have been used in GS for the prediction of genetic merit. In general, such methodologies require certain assumptions about the data, such as the normality of the distribution of phenotypic values. To circumvent the non-normality of phenotypic values, the literature suggests the use of Bayesian Generalized Linear Regression (GBLASSO). Another alternative is the models based on machine learning, represented by methodologies such as Artificial Neural Networks (ANN), Decision Trees (DT) and related possible refinements such as Bagging, Random Forest and Boosting. This study aimed to use DT and its refinements for predicting resistance to orange rust in Arabica coffee. Additionally, DT and its refinements were used to identify the importance of markers related to the characteristic of interest. The results were compared with those from GBLASSO and ANN. Data on coffee rust resistance of 245 Arabica coffee plants genotyped for 137 markers were used. The DT refinements presented equal or inferior values of Apparent Error Rate compared to those obtained by DT, GBLASSO, and ANN. Moreover, DT refinements were able to identify important markers for the characteristic of interest. Out of 14 of the most important markers analyzed in each methodology, 9.3 markers on average were in regions of quantitative trait loci (QTLs)... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Statistical learning. |
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Thesagro: |
Hemileia Vastatrix. |
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Thesaurus Nal: |
Artificial intelligence; Plant breeding. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216675/1/Sousa-et-al-2020.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
19/10/2018 |
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Data da última atualização: |
19/10/2018 |
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Autoria: |
SOUTO, E. P. F.; MAIA, L. A.; FERREIRA, J. S.; GOMES, L. C. V. M.; CARNEIRO, R. S.; DRIEMEIER, D.; SOUZA, A. P.; DANTAS, A. F. M. |
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Afiliação: |
Erick P. F. Souto, Programa de Pós?Graduação em Medicina Veterinária/Universidade Federal de Campina Grande - UFCG; Lisanka A. Maia, Programa de Pós?Graduação em Medicina Veterinária/Universidade Federal de Campina Grande - UFCG; Jefferson S. Ferreira, Programa de Pós?Graduação em Medicina Veterinária/Universidade Federal de Campina Grande - UFCG; Luedja C. V. M. Gomes, Médica Veterinária, Hospital Veterinário/Universidade Federal de Campina Grande - UFCG; Rosileide S. Carneiro, Médica Veterinária, Hospital Veterinário/Universidade Federal de Campina Grande - UFCG; David Driemeier, Setor de Patologia Veterinária - SPV/Faculdade de Veterinária - FaVet/Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS; Almir P. Souza, Setor de Patologia Veterinária - SPV/Faculdade de Veterinária - FaVet/Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS; Antônio F. M. Dantas, Setor de Patologia Veterinária - SPV/Faculdade de Veterinária - FaVet/Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS. |
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Título: |
Aspectos epidemiológicos, clínicos e anatomopatológicos da hepatite infecciosa canina: 15 casos. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Veterinária Brasileira, Brasília, DF, v. 38, n 8, p. 1608-1614, agosto 2018 |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Título em inglês: Epidemiological, clinical and pathological aspects of infectious canine hepatitis: 15 cases. |
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Conteúdo: |
Descrevem-se os principais aspectos epidemiológicos, clínicos e anatomopatológicos de casos de hepatite infecciosa canina diagnosticados no Laboratório de Patologia Animal da Universidade Federal de Campina Grande, durante o período de janeiro de 2003 a dezembro de 2016. Dos 1.640 cães necropsiados, 15 foram diagnosticados como hepatite infecciosa canina (0,91%). Dos cães acometidos nove eram machos e seis fêmeas. As idades variaram de 45 dias a sete anos, sendo a maioria filhotes. Dez animais não apresentavam raça definida, quatro eram Poodles e um Rottweiler. A maioria dos cães não recebeu nenhum tipo de protocolo vacinal. Os cães eram oriundos dos municípios de Patos, São Mamede e Teixeira, pertencentes ao estado da Paraíba, Nordeste do Brasil. A maioria dos cães apresentou curso clínico variando de hiperagudo a agudo. Os principais sinais clínicos foram convulsão, apatia e hiporexia. Na necropsia, as principais alterações foram observadas no fígado que se apresentava de pálido a alaranjado e com áreas irregulares avermelhadas na superfície capsular, além de acentuação do padrão lobular e edema na parede da vesícula biliar. Hemorragias foram observadas em vários órgãos. Na histopatologia havia necrose centrolobular de hepatócitos associada a corpúsculos de inclusão viral intranucleares, hemorragia e infiltrado inflamatório misto. O diagnóstico foi estabelecido com base nas características lesões histopatológicas e foi confirmado por imuno-histoquímica. A hepatite infecciosa canina ocorre ocasionalmente na Paraíba, acometendo particularmente cães jovens e não vacinados. MenosDescrevem-se os principais aspectos epidemiológicos, clínicos e anatomopatológicos de casos de hepatite infecciosa canina diagnosticados no Laboratório de Patologia Animal da Universidade Federal de Campina Grande, durante o período de janeiro de 2003 a dezembro de 2016. Dos 1.640 cães necropsiados, 15 foram diagnosticados como hepatite infecciosa canina (0,91%). Dos cães acometidos nove eram machos e seis fêmeas. As idades variaram de 45 dias a sete anos, sendo a maioria filhotes. Dez animais não apresentavam raça definida, quatro eram Poodles e um Rottweiler. A maioria dos cães não recebeu nenhum tipo de protocolo vacinal. Os cães eram oriundos dos municípios de Patos, São Mamede e Teixeira, pertencentes ao estado da Paraíba, Nordeste do Brasil. A maioria dos cães apresentou curso clínico variando de hiperagudo a agudo. Os principais sinais clínicos foram convulsão, apatia e hiporexia. Na necropsia, as principais alterações foram observadas no fígado que se apresentava de pálido a alaranjado e com áreas irregulares avermelhadas na superfície capsular, além de acentuação do padrão lobular e edema na parede da vesícula biliar. Hemorragias foram observadas em vários órgãos. Na histopatologia havia necrose centrolobular de hepatócitos associada a corpúsculos de inclusão viral intranucleares, hemorragia e infiltrado inflamatório misto. O diagnóstico foi estabelecido com base nas características lesões histopatológicas e foi confirmado por imuno-histoquímica. A hepatite infeccio... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Anatomopatologia; Clínica; Doença de cão; Hepatic necrosis; Hepatite infecciosa; Inclusão viral; Necrose hepática; Viral inclusion; Viroses. |
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Thesagro: |
Cão; Epidemiologia; Virose Animal. |
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Thesaurus NAL: |
Animal pathology; Dog diseases; Epidemiology; Hepatitis. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/184745/1/Aspectos-epidemiologicos-clinicos-e-anatomopatologicos.pdf
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Marc: |
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260 $c2018
500 $aTítulo em inglês: Epidemiological, clinical and pathological aspects of infectious canine hepatitis: 15 cases.
520 $aDescrevem-se os principais aspectos epidemiológicos, clínicos e anatomopatológicos de casos de hepatite infecciosa canina diagnosticados no Laboratório de Patologia Animal da Universidade Federal de Campina Grande, durante o período de janeiro de 2003 a dezembro de 2016. Dos 1.640 cães necropsiados, 15 foram diagnosticados como hepatite infecciosa canina (0,91%). Dos cães acometidos nove eram machos e seis fêmeas. As idades variaram de 45 dias a sete anos, sendo a maioria filhotes. Dez animais não apresentavam raça definida, quatro eram Poodles e um Rottweiler. A maioria dos cães não recebeu nenhum tipo de protocolo vacinal. Os cães eram oriundos dos municípios de Patos, São Mamede e Teixeira, pertencentes ao estado da Paraíba, Nordeste do Brasil. A maioria dos cães apresentou curso clínico variando de hiperagudo a agudo. Os principais sinais clínicos foram convulsão, apatia e hiporexia. Na necropsia, as principais alterações foram observadas no fígado que se apresentava de pálido a alaranjado e com áreas irregulares avermelhadas na superfície capsular, além de acentuação do padrão lobular e edema na parede da vesícula biliar. Hemorragias foram observadas em vários órgãos. Na histopatologia havia necrose centrolobular de hepatócitos associada a corpúsculos de inclusão viral intranucleares, hemorragia e infiltrado inflamatório misto. O diagnóstico foi estabelecido com base nas características lesões histopatológicas e foi confirmado por imuno-histoquímica. A hepatite infecciosa canina ocorre ocasionalmente na Paraíba, acometendo particularmente cães jovens e não vacinados.
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